مسجدجامع رقه در شرقی ترین بخش روستای رقه واقع گردیده است. هم اکنون این مسجد در کناری از روستا و با فاصله نسبت به مرکز فعلی روستا واقع گردیده است که نشان از انتقال هسته روستا به نقاط غربی تر دارد این انتقال و جابجایی احتمالاً ناشی از بوقوع پیوستن سیلی مخرب می باشد که باعث شده خانه های دور مسجد خراب گردد و با توجه به واقع شدن مسجد بر روی ارتفاع بستر طبیعی زمین این بنا از خطر تخریب سیل در امان مانده است در نتیجه روستا برای در امان ماندن از سیل های بعدی به سمت غربی منطقه که دارای ارتفاع بیشتر نیز می باشد پیش رفته است.
احتمال دیگر این است که مردمی که در حاشیه مسجد زندگی می کردند به بشرویه مهاجرت نموده و دور مسجد خالی از سکنه گشته است. با فرض اینکه نخستین ساکنان بشرویه از روستای رقه به آنجا آمده باشند این احتمال به حقیقت نزدیکتر می شود. از طرفی منبری در مسجد میان ده بوده که خیلی قدیمی تر از زمان ساخت مسجد میان ده بوده و بنا به گفته‌ی گذشتگان آن را از مسجد رقه به این مسجد آورده اند. بعید نیست که با آمدن مردم روستای رقه به بشرویه منبر را نیز با خود از مسجد به بشرویه آورده باشند و به یکباره دور مسجد خالی شده باشد.

این مسجد همراه با تغییراتی که در دوره های بعدی به خود دیده است همان مسجدی است که ناصرخسرو از آن نام برده است.
مصالح و مواد به کار رفته در ساخت مسجد، از خشت خام بوده است که بر بستر سکویی از سنگ لاشه بنا گردیده است. بستر طبیعی موجود احتمالاً در دوره هایی دچار رانش شده و برای جلوگیری از تخریب احتمالی مسجد در قسمتی از ضلع شمالی و غربی بنا اقدام به ساخت ساباط شده که علاوه بر ایجاد فضای دلنشین سایه در تابستان تا حدودی جلوی رانش دیوارهای شرقی و غربی بنا را بگیرد. در ضلع جنوبی مسجد نیز برای کنترل و مهار این رانش ایوانچه هایی الحاقی دیده می شود
در حال حاضر این بنا دارای سه ایوان می باشد. طبق گفته‌ی آقای لباف خانیکی در کتاب مساجد خراسان این بنا در ابتدا دو ایوانی بوده و ظاهراً در دوره صفویه یک ایوان به این مجموعه اضافه شده است. پس در نتیجه ایوان جنوبی بعداً به بنا الحاق گردیده است. البته امکان اینکه ایوان شرقی نیز بعداً اضافه شده و مسجد تنها یک ایوان داشته و به اصطلاح تک ایوانی بوده نیز وجود دارد چرا که بیشتر فضاهای مسجد در جبهه غربی و در سمت شبستان می باشد و این نشان می دهد که مسجد اصلی در واقع بر اساس یک ایوان بنا گردیده است

هم اکنون به جز ایوان قبله، باقی ایوان ها با تاق جناغی تیزه دار و ایوان قبله با نوعی قوس بیضی عمودی پوشیده شده است. نوع تاق در ایوان اصلی به صورت دو تاق آهنگ بزرگ در ابتدا و انتهای آن بوده و تاق گردی نیز در وسط اجرا گردیده است. اما پوشش دیگر ایوان ها با تاق آهنگ می باشد.

مسجد در حال حاضر دارای دو ورودی در سمت شمال و جنوب می باشد که بیشتر رفت و آمد مردم از در جنوبی می باشد که این ناشی از تغییرات در ساختار روستای رقه می باشد چرا که در گذشته ورودی اصلی مسجد در جبهه شمالی مسجد واقع بوده  که نشان می دهد روستای قدیم رقه در جهت شمال و شمال غرب گسترش داشته و بعد از رها شدن این منطقه و ساخت و ساز در غرب و جنوب غربی روستا، در جنوبی مسجد بیشتر برای رفت و آمد مردم کاربرد پیدا کرده است.

در بررسی فضاهای موجود مسجد اتاقی در گوشه شمال غربی مسجد قرار دارد که نشان از اصالت و قدمت بیشتری نسبت به دیگر فضاها دارد این اتاق با توجه به معماری آن گنبدخانه مسجد بوده است که مانند دیگر گنبدخانه ها گوشه سازی بصورت « اسکنج » اجرا شده است نمونه های این گونه اجرا بیشتر در دوره سلجوقی مشاهده می شود که شاید بیانگر دوره های مختلف ساخت و ساز در مسجد باشد چرا که در حال حاضر نیز در ارتباط این اتاق با شبستان مجاور ایوان تغییراتی در ساختار معماری اتاق مشاهده می گردد.